第一、先要公司股东会作出决议，允许进行股权转让；
第二、签订股权转让协议；
第三、到公司登记的市场监督管局进行登记变更手续。
以上就是完整的流程。
公司股权变更程序及操作流程
公司股权变更的，应当自股权正式变更之日起30日内向登记部门申请变更登记。 变更程序
依次签署及准备以下法律文件：1、公司法定代表人签署、公司盖章的《公司变更登记申请书》。 2、《指定代表或者共同委托代理人的证明》(公司加盖公章)，以及指定代表或委托代理人的身份证复印件(本人签字)。 3、原股东会决议。(全体老股东盖章或签字，自然人股东签字，自然人以外的股东盖章) 主要内容：(1)转让双方当事人、转让的股权份额及股权转让价格、受让者，其他股东优先受让权利的行使情况等;(2)股权转让后公司的股本结构; 4、股权转让协议书。(转让双方签署，自然人签字，自然人以外的盖章)
会查账的，如果公司股东100%转让公司股权，受让方要了解转让价格是否合理，会要求查账，以便了解公司净资产状况以及每股净资产情况，如果不查账，出让方和转让方不熟悉的情况下，这么大笔股权转让是不可能随便成交的，最大可能是会请会计事务所进行专题审计，并提交审计报告。
收购一家公司和100％股权转让的区别在于，如果收购一家公司，你可以收购51％额股权，成为最大的股东，对于公司的各项决策都有决策权。而100％股权转让，可以是有偿的，也可以是无偿的，转让后公司的一切权利和义务都由你进行负责，包括负债。
一、自然人股权转让流程
1、领取《公司变更登记申请表》(工商局办证大厅窗口领取)
2、变更营业执照(填写公司变更表格，加盖公章，整理公司章程修正案、股东会决议、股权转让协议、公司营业执照正副本原件到工商局办证大厅办理)
3、变更组织机构代码证(填写企业代码证变更表格，加盖公章，整理公司变更通知书、营业执照副本复印件、企业法人身份证复印件、老的代码证原件到质量技术监督局办理)
4、变更税务登记证(拿着税务变更通知单到税务局办理)5、变更银行信息(拿着银行变更通知单基本户开户银行办理)
二、公司股权变更所需资料
1、《公司变更登记申请表》
2、公司章程修正案(全体股东签字、盖公章)
3、股东会决议(全体股东签字、盖公章)
4、公司执照正副本(原件)
5、全体股东身份证复印件(原件核对)
6、股权转让协议原件(注明股权由谁转让给谁，股权、债权债务一并转让，转让人与被转让人签字
三、细节
1、在股权转让交易中，转让方为纳税义务人，而受让股权的一方是扣缴义务人，履行代扣代缴税款的义务
2、股权交易各方在签订股权转让协议并完成股权转让交易以后至企业变更股权登记之前，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应到主管税务机关办理纳税(扣缴)申报，并持税务机关开具的股权转让所得缴纳个人所得税完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续。
3、股权交易各方已签订股权转让协议，但未完成股权转让交易的，企业在向工商行政管理部门申请股权变更登记时，应填写《个人股东变动情况报告表》并向主管税务机关申报。
首先，股权转让是指目标公司股权的转让，资金的支付应当是从受让方的账户上支付到转让方的账户上，并不是支付到目标公司账户上。
第二，现在很多地方的税务局强制要求在办理税务登记变更时提供股权转让款已经支付的转账记录，这一点是没有法律依据的，可以与他们据理力争，如果股权转让协议约定的转让款支付时间未到而无法提供转账记录的，可以告知税务部门，不给办理变更会提起行政诉讼。
第三，如果税务部门或者工商部门要求将转让款支付到目标公司账户上，直接告知他们，请他们提供执法依据，因为这是违法的。
只有投资款，或者增资款才是支付到目标公司账户上的。
所谓增资款，就是目标公司注册资本增加，承担增加资本的股东应当将资本注入目标公司设立的验资账户。
只有这种情况下，所谓的“股权转让款”才会支付到公司账户。
想必您清楚了吧
认缴注册资金，属于没有实际投资资金，没有发票和收据，所以公司转让时候不存在转让费用。
1、协议只是完成特定事件的一个辅助手段。
2、《入股协议》，顾名思义是为了成为公司股东，签订双方为投资人与公司或者控股股东，更多的是类似与《增资扩股协议》。
3、《股权转让协议》，是公司股东与内部的其他股东或者公司以外的第三人签订，主要是就股权转让价款、支付方式、违约责任等内容。
4、一般而言，《入股协议》很少在实际中使用，多数情况下都能被其他协议替代，该协议处于很尴尬的地位。
5、而《股权转让协议》目标更为明确，主要就是应用于股权的对外或者对内转让。
6、在配套文件的使用上，都是需要召开股东会进行决议，并配合《股东会决议》以及修改公司章程，然后才能办理工商变更登记。
您好，主要有三种：印花税、个人所得税、企业所得税。具体规定如下：
1、印花税
（1）非上市公司不以股票形式发生的企业股权转让行为，属于财产所有权转让行为，应按照产权转移书据缴纳印花税。印花税税目税率表第十一项规定，产权转移书据应按所载金额的万分之五贴花。国税发[1991]155号第十条进一步明确，“财产所有权转移书据的征税范围是：经政府管理机关登记注册的动产、不动产的所有权转移所立的书据，以及企业股权转让所立的书据。”这里的企业股权转让所立的书据，是指未上市公司股权转让所书立的书据，不包括上市公司的股票转让所书立的书据。
（1）适用税目。根据国税发[1991]55号《关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》第十条解释，企业股权转让所立的书据属于“产权转移书据”税目中“财产所有权”转移书据的征税范围。
（2）税率。根据《中华人民共和国印花税暂行条例》附件规定，产权转移书据的税率为：按所载金额万分之五贴花。
（3）纳税义务人。纳税义务人为立据人，即转让人和受让人。
（4）纳税义务发生时间。《中华人民共和国印花税暂行条例》第七条规定，应纳税凭证应当于书立或者领受时贴花。
2、个人所得税
根据个人所得税法规的有关规定，个人转让股权应按“财产转让所得”项目依20%的税率计算缴纳个人所得税。财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额为应纳税所得额。
（1）适用税目。《中华人民共和国个人所得税法》（以下简称个人所得税法）第二条第九项规定，财产转让所得应纳个人所得税。《中华人民共和国个人所得税法实施条例》（以下简称实施条例）第八条第九项规定，股权转让所得属于财产转让所得项目。
（2）应纳税所得额的计算。实施条例第二十二条规定，财产转让所得按照一次转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，作为应纳税所得额。
就股权转让所得而言，其应纳税所得额=股权转让价-股权计税成本-与股权转让相关的印花税等税费。
3、企业所得税。
企业股东转让股权，会涉及企业所得税。企业股权投资转让所得应并入企业的应纳税所得，依法缴纳企业所得税。
（1）收入。《中华人民共和国企业所得税法》（以下简称企业所得税法）第六条第三项规定，转让财产收入列入企业收入总额范围。《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第十六条规定，企业转让股权取得的收入属于转让财产收入。
（2）扣除。根据企业所得税法第八条规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。就股权转让来说，股权计税成本及与股权转让相关的印花税等税费可以扣除。
（3）应纳税所得额。等于股权转让收入减去股权计税成本后的余额。
（4）税率：企业所得税法第四条规定，企业所得税的税率为25%。企业所得税法第四章第二十八条规定，符合条件的小型微利企业，减按20%的税率征收企业所得税。国家需要重点扶持的高新技术企业，减按15%的税率征收企业所得税。
股权100%转让那就是说公司控股人变了呗，那么这些员工还要不要就得人家说了算了，一般情况下上一任老板签协议的时候会安排好的，但是有些也不会
