协议出让，是从前最主要的一种政府供地方式，和挂牌出让一样也属有偿出让。
协议出让的优点是：政府对地价较易控制、灵活性大；缺点是：没有引入充分的竞争机制，缺乏公正性，不利于公平竞争，容易滋生以权谋私、权钱交易等腐败现象。
总的来说，协议出让与挂牌出让主要有三方面的区别：
1、适用范围不同（土地类别），这是两者最重要的区别。
《招标拍卖挂牌出让国有土地使用权规定》明确了招标拍卖挂牌的范围，即：商业、旅游、娱乐和住宅等各类经营性用地，必须以招标、拍卖或者挂牌方式出让。除此之外的其他类型用地（主要有：工业、仓储、或其他重点扶持的项目用地）可以协议方式出让。
在政策执行概念上可以这样理解：挂牌出让为土地出让的一般方式，协议出让是土地出让的特殊方式。
2、土地使用权出让金定价方式不同。
协议出让是政府与土地使用者协商定价的，而挂牌出让则是社会公开竞价。
3、土地出让最低价的限定原则不同。
协议出让土地的最低价不得低于土地有偿使用费、征地成本以及按照国家规定应当缴纳的有关费用之和，有基准地价的，不得低于基准地价的70%；挂牌出让的土地其起拍价就是最低价，这个起拍价是根据土地估价结果和政府产业政策等条件综合评定的。
基于上述三个不同点，协议出让的土地在修建与用途上有较为固定且严格的限制，若需转让协议出让的用地或改变协议出让用地的性质，都需要补齐相关费用，补齐的额度往往以同区域内相应类型土地的挂牌成交均价或评估价作参考，扣除协议土地款部分。此外也有其他的一些变通处理办法。
根据《国土资源部关于进一步规范矿业权出让管理的通知》（国土资发〔2006〕12号），以招标拍卖挂牌方式出让探矿权采矿权有下列情形之一的，经批准允许以协议方式出让：
（1）国务院批准的重点矿产资源开发项目和为国务院批准的重点建设项目提供配套资源的矿产地；
（2）已设采矿权需要整合或利用原有生产系统扩大勘查开采范围的毗邻区域；
（3）经省（区、市）人民政府同意，并正式行文报国土资源部批准的大型矿产资源开发项目；
（4）国家出资为危机矿山寻找接替资源的找矿项目。
协议出让探矿权采矿权，必须通过集体会审，从严掌握。协议出让的探矿权采矿权价款不得低于类似条件下的市场价。
国家基于矿产资源所有权将探矿权、采矿权出让给探矿权人、采矿权人而依法收取的国有资源有偿使用收入。矿业权出让收益评估是指矿业权评估机构及其矿业权评估专业人员，根据委托、按照有关法律法规、遵循矿业权评估准则对约定评估矿业权在一时点的出让收益进行评定、估算，并出具矿业权出让收益评估报告的专业服务行为。
探矿权出让是指政府或相关主管部门将某个区域内的探矿权出售或招标给企业或个人。这些企业或个人可以在一定时期内进行勘探活动，以寻找矿藏或矿区，获得矿产资源开发的权益。这种做法能够促进矿产资源的合理开发利用，鼓励企业或个人加大勘探和开发力度，也可为政府提供一定的财政收入。然而，如果管理和监管不力，也可能导致环境和资源的浪费和破坏。因此，探矿权出让需要在规划和管理方面加强。
申请探矿权不需要多少钱，只要相关简单地质资料即可，费用大概按申请的面积计算，一平方公里才100块钱左右。有了探矿权可以出让，你可以通过出让赚钱。没有探矿权一般很难拿到采矿权，这和各个地方的法规有关，也和矿种有关。
一般金属矿肯定要先有探矿权，然后通过地质工作，才可能申请到采矿权，有些非金属矿如石灰石，石英矿有可能直接通过拍卖拿到采矿权。
挂账收储就是先拿白条，土地交回政府改变用途重新入市。自己可以去投，出让金与收储的补偿相抵，多退少补；如果自己没投得，政府将用出让金兑现原来的收储补偿。挂账收储最大的好处是有补偿费成本，可以化解一部分竞争压力。
协议出让应该注意说法，严格来说这其实是补缴土地出让金差额，比如工改商，原工业用途改为商住，补缴两者之间的差额，并签订补充出让合同。因此严格来说这不是真正的协议出让。
真正的协议出让，多发生在村企合作的情形，比如企业一直通过不完全合法的形式使用集体土地，现在要开展城市更新，那就报省将该宗集体土地征为国有，然后按新的规划用途（多半是商业、商住）直接协议出让给村企合作指定的企业。
城市更新的政策在广东在珠三角发展得比较深入，而在内地目前来说还比较凌乱。尤其是城市更新很多政策相对于正常的招拍挂供地政策来说属于特别奇特的异类，极其容易与以前的一级市场乱象混淆。操作时必须严格对照相关政策文件，吃透各个环节，否则非常容易掉坑。
1.供应工业、商业、旅游、娱乐和商品住宅等各类经营性用地以外用途的土地，其供地计划公布后同一宗地只有一个意向用地者的，可以采取协议方式。其中，工业用地包括仓储用地，但不包括采矿用地；
2.原划拨、承租土地使用权人申请办理协议出让，经依法批准，可以采取协议方式，但《国有土地划拨决定书》、《国有土地租赁合同》、法律、法规、行政规定等明确应当收回土地使用权重新公开出让的除外；
3.划拨土地使用权转让申请办理协议出让，经依法批准，可以采取协议方式，但《国有土地划拨决定书》、法律、法规、行政规定等明确应当收回土地使用权重新公开出让的除外；
4.出让土地使用权人申请续期，经审查准予续期的，可以采用协议方式；
5.法律、法规、行政规定明确可以协议出让的其他情形。
除上述五种规定情形，《协议出让国有土地使用权规范》还建立了程序认定机制，明确通过出让协调决策机构集体认定实行协议出让方式的，可以采取协议出让方式。
是指土地使用权的有意受让人直接向土地所有者提出有偿使用土地的愿望，由土地所有者即出让方与有意受让人在没有第三人参与的条件下通过谈判、协商达成出让土地使用权一致意见的一种方式。
特点：
在没有第三人参与竞争的条件下，通过协商达到出让土地使用权的目的。适用于市政工程、公益事业、非赢利单位或项目用地，以及需给予扶持优惠的项目。
程序：
（1）申请；有意受让人说明用地依据、面积、用途、出让金的来源及数额。
（2）协商；
（3）签订出让合同；
（4）登记：按照合同规定的出让金的金额和交付方式交付完出让金后，到土地管理部门办理土地使用权登记手续，领取土地使用证。
探矿权转采矿权需要出让公示。探矿权人或者采矿权人在申请转让探矿权或者采矿权时，应当向审批管理机关提交下列资料：
(一)转让申请书；
(二)转让人与受让人签订的转让合同；
(三)受让人资质条件的证明文件；
(四)转让人具备本办法第五条或者第六条规定的转让条件的证明；
(五)矿产资源勘查或者开采情况的报告；
(六)审批管理机关要求提交的其他有关资料。
国有矿山企业转让采矿权时，还应当提交有关主管部门同意转让采矿权的批准文件。
转让协议。
企业不能出让土地，只有国家才有出让权。因为土地的所有权属于国家或集体所有。企业购买的是土地使用权。企业可以将出让的土地使用权转让给另一家企业。
交易双方提出转让、受让申请交易当事人申请办理转让手续同时，还应提供转让协议、土地使用证、宗地界址点图、建筑物产权证明、法人资格证明，委托书、身份证明等资料。
